Otra característica importante que se ve en las empresas agropecuarias, es que en su gran mayoría son empresas familiares, lo cual si sabemos manejar el sistema empresa-familia podríamos lograr excelentes resultados, de lo contrario, estos dos sistemas (sistema empresa y sistema familia) al tener objetivos, formas de trabajar y de tomar las decisiones diferentes, podrían causar muchos problemas en la empresa. 

Algunos de los problemas comunes que se dan en las empresas agropecuarias de familia son: 

• La mezcla de cajas (ya que suelen acostumbrar ocupar la plata de la empresa y de la familia sin llevar registros y sin distinguir una de otra).
• A la hora de tomar decisiones se ponen en juego los valores y costumbres que muchas veces no coinciden los familiares con los empresariales, y comúnmente tienen mayor peso los familiares, y esto muchas veces no es bueno para la empresa (ej: a la hora de decidir un cargo importante en la empresa, el dueño/padre va a querer optar por el "hijo mayor" por aspectos sentimentales, etc., sabiendo que para la empresa no siempre es la mejor decisión, ya que en algunos casos ese hijo no está tan capacitado para ocupar es cargo como algún otro integrantes de la familia; así se pueden encontrar muchas situaciones problemáticas que generan la mezcla de valores empresa/familia).
• La sucesión, es otro ejemplo de un gran problema con el que se enfrentan estas empresas, ya que es un tema muy delicado de tratar y de llevar a la práctica.

Como dije al principio, el sistema empresa/familia es muy difícil de administrar por los distintos factores que intervienen, pero si logramos hacer un equilibrio entre valores y costumbres, y llevamos a cabo una buena administración de recursos, recolectamos toda la información necesaria, etc., podemos lograr mayores resultados que en otro tipo de empresas, ya que en estas existe un sentimiento profundo por parte de sus dueños, lo cual hace que ellos den todo lo que está a su alcance para ver bien a la organización y que pueda crecer.